Sabemos que todos os organismos com estrutura celular possuem como material genético o DNA e que os genes são trechos dessas moléculas de DNA transcritos em moléculas de RNA e traduzidos em proteínas. Portanto, o DNA, o RNA e as proteínas são moléculas presentes em todos os seres vivos desde que eles surgiram na Terra.
Modificações nessas substâncias foram fundamentais no processo da evolução e permitiram a grande diversificação dos seres vivos. Assim, comparando as sequências de bases nitrogenadas do DNA ou do RNA, ou comparando as proteínas de diferentes espécies de seres vivos, podemos estabelecer o grau de proximidade entre essas espécies. Isso significa que podemos estabelecer o grau de parentesco evolutivo entre elas.
Quanto maior for a semelhança nas sequências das bases nitrogenadas dos ácidos nucléicos, ou quanto maior a semelhança entre as proteínas dessas espécies, maior será a proximidade evolutiva entre elas.